O ambiente cársico e protegido do Vale do Lapedo também serviu de abrigo para os mais pequenos. Rato-de-água, rato-do-campo, musaranho-de-dentes-vermelhos e musaranho-de-dentes-brancos são algumas das cerca de quinze espécies de micromamíferos roedores e insectívoros documentados no Lagar Velho. Os restos destes pequenos, por vezes muito pequenos, animais são apenas recuperados em processo de crivagem de sedimentos a água, estando sobretudo representados os seus dentes e mandíbulas. A presença simultânea deste conjunto de espécies no local contribui para a caracterização ecológica do vale durante o último período glacial.
É importante salientar que estes pequenos animais não integravam o menu das comunidades paleolíticas, embora fossem presas de outras espécies que habitavam ou frequentavam o abrigo.