Sabemos, através de estudos do pólen conservado em sedimentos, e outros resíduos recolhidos nos níveis de ocupação do Lagar Velho, que a paisagem do Vale do Lapedo e áreas envolventes era distinta da que hoje observamos. Surgiam retalhos de floresta dominada quase exclusivamente pelo pinheiro silvestre (Pinus sylvestris) – uma espécie adaptada a climas frios e tolerante a solos gelados, hoje ausente no nosso país – e espaços mais abertos onde predominavam arbustos e ervas. Em momentos relativamente mais temperados deste período glacial floresciam também o carvalho persistente (Quercus ilex e Q. suber) e o pinheiro-bravo (Pinus pinaster), entre outras espécies arbóreas e arbustivas. Junto aos cursos de água crescia uma vegetação ripícola com amieiros (Alnus sp.) e freixos (Fraxinus sp.) que se podem, ainda hoje, observar pontualmente.
A vegetação documentada espelha condições climáticas que se foram alterando no decurso das ocupações do abrigo, durante o Paleolítico Superior.