Infelizmente, a diversidade de espécies representadas no Lagar Velho não encontra paralelo nos dias de hoje. São várias as que se encontram ameaçadas, em perigo de extinção, ou já extintas em determinadas áreas geográficas do planeta, como demonstram as muitas listas vermelhas de espécies ameaçadas.
O abutre-barbudo, o lince-ibérico (Linx pardinus) e o lobo-ibérico (Canis lupus signatus) são exemplos de espécies ameaçadas da Península Ibérica, e para as quais têm sido desenvolvidos esforços para reverter a situação. Em Portugal a reintrodução do lince-ibérico iniciou-se em 2015, no Vale do Guadiana, com resultados positivos. Este felino encontra-se seriamente ameaçado em todo o mundo, mesmo em risco de extinção. O abutre-barbudo, por sua vez, desapareceu do nosso território no final do século XIX. Diz-se que D. Carlos I abateu os dois exemplares que se encontram agora expostos no Museu de Ciência da Universidade de Coimbra. Permanece como espécie ameaçada em toda a Europa, tendo uma área de distribuição limitada a algumas cadeias montanhosas, nomeadamente nos Pirenéus, em parques naturais protegidos legalmente. O Lobo foi sempre o Mau da história. Devido à destruição dos seus habitats e à escassez de presas selvagens, vê-se obrigado a roubar na quinta do vizinho, matando, para consumo, gado doméstico. É uma espécie potencialmente ameaçada em Portugal e, por isso, estritamente protegida por lei.
Cabe a todos nós, sem exceção, contribuir para a conservação das espécies e dos seus habitats de modo a enriquecer a biodiversidade que outrora existiu, em benefício das populações e do planeta.